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VineMLで、anthyの設定に関するスレッドがあった。
以前、anthyを使おうとしてうまくいかなかったのだが、今回の投稿の通りに

apt-get install anthy anthy-el uim uim-xim

でインストールし、ユーザーアカウントで

setime anthy

とやるだけで使えるようになった。
ちなみに現在の設定の確認は

setime status

今のところの問題の出るソフトはなさそうだ。
これで日本語変換が非常に便利になった。
Firefoxでも [あ] が変な場所に出なくなったし。