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Windows用の手頃なインストーラーをずっと探していたのだが、

My Inno Setup Extensions http://isx.wintax.nl/

が良さそうだ。オープンソースなのも気に入った。
こんな紹介記事も見つけた。

竹迫良範 - Inno Setup STAND ALONE COMPLEX [.pdf 818k]
http://shibuya.pm.org/blosxom/techtalks/bkcon_reviews.html

インストーラーの生成はスクリプトをコンパイルする形で行う。ちょっと面倒ではあるが柔軟に設定できる。
さらに、独自のスクリプトも実装されていてかなりの事ができる。
インストール時に、ハードウェアに合ったIniファイルを（ダイアログ形式で）生成させたくて簡単なプログラムを書きかけていたのだが、スクリプトで対応できそうだ。